Seguindo o método de verificação de factos e as técnicas de análise documental do jornalismo de investigação, os casos são analisados e revistos cepticamente por todos os membros da equipa, em reuniões regulares.

​Todos os casos investigados jornalisticamente no Projecto Inocência são escolhidos pelos jornalistas.

• ​São escolhidos, preferencialmente, os casos que envolvam pessoas condenadas que estejam a cumprir pena e mantenham a sua declaração de inocência, prejudicando assim a duração da sua prisão.
• ​Na escolha dos casos participam também, com direito de voto, jornalistas em estágio e estudantes de jornalismo que integrem o Projecto.
• ​Na análise dos casos participam juristas, académicos e peritos, que ajudam a enquadrar os temas, sugerem abordagens de investigação e formas de testar as provas.
• ​Nenhuma das pessoas que integra o grupo de escolha dos casos, nem a investigação jornalística sobre eles, pode ter qualquer relação de proximidade com nenhum dos envolvidos no caso em análise.
• ​Nas reuniões de trabalho sobre a abordagem jornalística dos casos são cumpridas as regras do Código Deontológico dos Jornalistas e as melhores práticas de salvaguarda dos direitos das fontes, de partilha de dados privados e de edição céptica dos resultados.
• ​O Projecto Inocência aceita trabalho voluntário mas defende a regra do pagamento do trabalho realizado, seja nos estágios, seja no desenvolvimento das tarefas profissionais.